Nació en Écija el día 18 de Septiembre de 1728, siendo bautizado el viernes 24 de igual mes y año en la Parroquia de San Juan por el cura Francisco José Ximénez Bermudo, imponiéndole los hombres de Tomás Joaquín Baltasar José, hijo de Andrés Borrego y de María González, siendo apadrinado por Baltasar Galindo y Dolores Conde de Casa Galindo (Libro de Bautismos 14, página 229, Iglesia de San Juan). Hermano del también jesuita Andrés Borrego.
Después de estudiar en el colegio de los jesuitas en Córdoba, cuando contaba 19 años de edad, ingresó en su orden, concretamente el 31 de Enero de 1747, siendo admitido en ella por el P. Ladislao Oroz, mientras se encontraba este en Sevilla y marcha a Paraguay como misionero al Río de la Plata. En Marzo de 1752 hizo renuncia de sus bienes a favor de sus hermanas María y Antonia Borrego. Marcha a Paraguay y en San Juan Bautista o Valbuena, está de misionero junto con el padre Luis Olcina, hablando las lenguas Isistiné y Toquistiné, teniendo a su cargo espiritual 740 almas. El año de 1758, según Acta del Cabildo de Santiago del Estero, se permite el traslado y visita la Reducción de Petacas el P. Tomás Borrego. En 1764, es considerado como un celoso misionero del Chaco. Se hallaba en Valbuena, cuando se expidió el decreto de expulsión promulgado por el rey Carlos III.
Respecto a su expulsión encontramos:“... En el transcursodel año 1767, Paucke se enteró que los jesuitas santafesinos instalados en el colegio de esa ciudad habían sido apresados y conducidos a Buenos Aires. Unos meses después, el 6 de septiembre, llegó la orden para que él y sus compañeros cumplan con el mandato de la expulsión, de manera que fueron transportados también ellos hacia la ciudad de Santa Fe, e inmediatamente conducidos a Buenos Aires. El 2 de octubre de ese año llegaron a la metrópoli, siendo alojados en el colegio de Belén y privados de la libertad hasta su nuevo paradero que fue Montevideo.
