Nació en Écija, siendo bautizado el día 13 de Julio de 1569, por el cura Mayor de Serrano, hijo del Doctor Juan Antonio de Santander y María de Montiel, siendo apadrinado por Francisco de Núñez y Catalina de Acedo (Libro de Bautismos 15, página 131 vuelta, Parroquia Mayor de Santa Cruz).
Quizás el biógrafo que publica mayor número de noticias, relativa a este ecijano, es el también jesuita José del Rey Fajardo en diversas publicaciones. Recogiendo de ellas, encontramos: Ingresó en la Compañía de Jesús y, después de concluir su carrera eclesiástica, fue destinado al Perú hacia el año 1599 junto con los Padres Hernando de Monroy y Diego de Torres Vázquez, llegando a Lima, según algunas publicaciones, el 31 de Julio y en otras el 2 de Octubre del citado 1599.
En 1601 es nombrado vicerrector del seminario de Quito y profesor de filosofía. En 1605 subiría al Nuevo Reino junto con el P. Diego de Torres. El año siguiente era designado rector del incipiente colegio de Santa Fe (1606-1610) en el que debió enseñar Filosofía. Rigió asimismo los destinos del Colegio-Seminario de San Bartolomé (1608-1609). En 1610 trabaja en el colegio de Cartagena. En 1615 es elegido Procurador a Roma y Madrid por la congregación provincial y su gestión duró de 1615 a 1618.
El 7 de Mayo de 1618 se embarcaba de regreso en Cádiz. A su llegada al Nuevo Reino se encarga de nuevo del Rectorado del colegio de Santa Fe (1618-1620). En 1622 ejercía como superior de la residencia de Panamá y en esta misma ciudad le sorprendió la muerte en 1624 (Biblioteca de escritores jesuitas neogranadinos. José del Rey Fajardo. 2006).
En una carta del P. Rodrigo de Cabredo, Provincial al P. Claudio Aquaviva, Julio de 1602, le dice: Puso el Padre Visitador en el Seminario de San Luis, por vicerrector al P. Juan Antonio de Santander, que fue uno de los que yo traje de España, de muy buenos talentos y partes, y con estar ocupado allí leyendo cursos de Artes, me escriben que da tan buena cuenta de entre ambas cosas, que van muy bien en todo aquel Seminario…
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